西瓜虽然增收了，但有些套种西瓜的棉田杂草却防除不力，使棉花下部果枝的发育受到抑制，不利于棉花稳健生长。这是因为，有的农民在套种西瓜前未施用除草剂，有的选用的除草剂品种不对路，有的施用的剂量不足，有的施用的方法不对，而棉田套种西瓜的一般都覆盖了地膜，膜内的温度、水分、养分更利于杂草的滋生繁殖，结果造成肥水长猛草，杂草甚至把地膜扎穿了孔，直接影响到棉花的生长发育。因为，棉花与西瓜共生期间，杂草也是共生的，因此，在杂交棉花套种西瓜的过程中，一定要认真地搞好化学除草。
选好棉瓜品种现在市场上的杂交棉花品种很多，套瓜棉田一般应选用杂交抗虫棉为好。因为杂交抗虫棉个体发育较大，上桃时间集中，成熟较早，产量高，可缓解与西瓜共生的矛盾。西瓜则应选择早熟品种，如郑杂5号、京欣1号、抗病苏蜜、庆农3号、极早蜜龙等品种，这些西瓜品种的生育期一般为90天左右，7月上中旬即可成熟收获，对棉花生育无大碍。
除草要讲技巧棉花与西瓜都是双子叶作物，除草前首先要选好对路的除草剂品种：一是忌用稻田施用的除草剂；二是要分清芽前与芽后除草剂；三是在苗床上要推广应用床草净除草。其次要准确掌握除草剂的施用剂量：如48%氟乐灵乳油，每亩用100~150毫升，48%拉索乳油每亩150~200毫升，分别兑水60~80斤喷洒。72%都尔乳油每亩150毫升，15%精稳杀得乳油每亩50~100毫升，12.5%盖草能乳油每亩60~80毫升，分别兑水60斤喷洒。第三要注意操作管理：一是要适墒喷施除草剂，二是氟乐灵、都尔等施药后要用耙与土壤拌合入土表下层，三是先喷药后盖膜，不能破坏药膜层，四是盖膜之后要扎实两边的薄膜，以防大风吹开薄膜，影响施药效果。
