《意见》明确界定了设施农用地办理的条件和管理分工。《意见》规定，凡未使用建筑材料硬化地面、或虽使用建筑材料但未破坏土地并易于复垦的畜禽舍、温室大棚和附属绿化隔离等用地，均可作为设施农用地办理用地手续。
乡镇政府(街道办事处)负责受理并初审辖区内设施农业项目申请，并对设施农用地使用情况进行跟踪管理;县(区)农业主管部门负责设施农业项目审批和竣工验收;县(区)国土部门负责对设施农业和养殖用地申请进行审查。
《意见》要求，设施农业和畜禽养殖业用地要坚持因地制宜、节约利用的原则。在符合土地利用总体规划、城乡建设规划的前提下，要引导农业生产经营者尽量利用滩涂、坑塘水面、建设用地、未利用地等其他土地发展设施农业和规模化养殖业，尽量不占或少占耕地，严禁占用基本农田。
确需占用耕地的，应采取预制板铺面隔离等耕作层保护措施，并由村级集体经济组织与农业生产经营者签订复垦协议，在使用期满或养殖项目终止后3个月内复垦。设施农业和养殖用地的使用期限按照设施农业和规模化养殖业的经营期限确定，最长不得超过土地承包经营权期限，流转土地最长不得超过土地承包经营权流转期限。
据淮北日报报道，《意见》规定了设施农用地的审批程序，并强调要加强用地监管，确保按批准的用途、范围，规范使用设施农业和养殖用地，防止以发展设施农业和养殖业为名，进行餐饮、宾馆、娱乐、房地产等非农建设和经营性开发。对借发展设施农业和养殖业名义搞非农建设、破坏耕地等违法行为要坚决制止，并依法追究相关法律责任。
