种植场地的清理
良好卫生设施的实施应开始于计划方案的制定阶段。在种植植物之前种植者就应该决定如何进行种植场地的卫生清理工作以及采用何种卫生设施。大部分种植者选用季铵氯盐产品，现在也有部分种植者使用二氧化氢或者二氧化氯产品，还有的使用漂白溶剂。这些产品对于灭杀藻类、菌类、细菌、蛞蝓、蜗牛、昆虫和微生物都非常有效。关键是要对所有的台面、温室墙壁、遮荫帘、任何重复使用的容器和塑料制品、灌溉装置以及水分收集容器进行消毒处理。形成一个温室清理计划可能需要花费一定的时间，但这是一条减少后期成本的捷径。
无病虫害植物的选择
开始清理工作的下一步是购买和种植无病虫害植物，这往往是件很棘手的事情，但是目前这一问题变得比以往更加严峻。作者目睹了许多携带病虫害的植株进入温室栽培。作者认为出现这一现象的原因是多方面的。
目前，大量的植物繁殖材料（种子或者插条）已经出现并且迅速进入世界市场。这些材料在跨国运输的过程中很少进行材料的检疫工作，结果导致了有害物和病原体的传播。这些染病繁殖材料的到来耗费了毫无准备的种植者成百上万的生产资金。这个问题并不是出在那些以前从未出现过或者以前并不危害温室植物的有害物和病原体上，而是由冠瘿病、根腐病、蜘蛛病和草竹粉蚧等的常见病害造成的。事实上任何有害生物和病原体都是繁殖植物材料的侵染者。
长距离运输并不是唯一的原因，公司从种植者手中购买植物产品时对病虫害的疏忽也导致了成本的增加。另外，一般的种植者都为追求更高的收益而尽量降低生产成本。种植者的注意力没有放在如何预防病虫害的产生，而是放在如何降低植物材料的生产成本上。因此，植物清洁、喷雾以及进行植物病毒检索等所需要支付的额外费用往往就从标准的生产程序中删除了。更严重的是，购买者并不乐意支付更高的价钱购买在严格的卫生和安全设施条件下生产的植物产品。
很多方法可以用来解决这一问题。进口植物材料的种植者有责任对引进材料进行严格的病虫害检疫，另外，对引进植物材料进行隔离也非常必要，至少应该隔离到清洁工作的评估已经完成。最后，作者在此推荐使用广谱杀虫剂、杀螨剂和杀真菌剂喷雾进行防护处理。
水质问题
为了保证植物的健康，种植者必须用没有细菌、真菌、藻类、蛞蝓、蜗牛以及其他有害物的水进行灌溉。按照最初的分析，这样做的目的与循环或者回收水的利用这一新的侧重点并不一致。作者认为植物健康管理人员应该结合考虑如何利用回收水和如何卫生处理水这两种特殊技术问题，而不是仅仅考虑应不应该利用回收水的问题。
回收水来自池塘、湖泊或者大容量的储水池。灌溉水可以部分或者全部回收，因此只需要在有必要的时候给回收系统补充少量的水分。不同的情况需要对卫生设施给予不同的关注。
首先，有些情况下没有必要进行全部水分的清洁，在正确使用通气良好的生长介质，根据发病机理采用恰当的生物控制方法以及使用保护性杀真菌剂的情况下，相对干净的水分足以满足健康植株生产的需要。这也是为什么“阶梯水池”使用效果良好的原因。“阶梯水池”中包括部分在重新进入温室灌溉以前从一个水池流入另一个水池的循环水分。植物发病通常会伴随着出现有水污染沉淀物的情况。如果能够正确构建“阶梯水池”，就可以避免系统沉淀物的移动。另外它们可以稀释水中的发病成分。在“阶梯水池”之后或者在“阶梯水池”的位置可以考虑将过滤作为下一个水卫生设施项目。
粗滤
粗滤是任何水处理过程的一部分，是对沉淀物控制的后续工作。然而过滤会降低水流速度，这必须通过自动化加以避免，因此反冲过滤器成为种植者的额外需求。使用反冲过滤器的目的是为了尽可能的和通常具有25个微孔的过滤器具有一样好的过滤效果。在使用具有落潮和涨潮系统循环水的时候，需要采用更加精细的沉淀物过滤装置。
细滤
粗滤以后，可以继续进行水分的细滤。大型沙塔也称作“加沙慢滤池”，对于滤掉灌溉水中不希望存在的污染物非常有效。这些沙塔的上部区域充满了生物性消化植物的细菌，下部区域可以物理性地过滤污染物。虽然沙塔使用多年后仍然可以继续使用，但是其上部区域必须不时地进行更新，因为该区域会被海藻淤塞从而降低水流速度。为了确定过滤器的数量和规格，在进行建造以前需要计算水流的速度。定期地监控水流速度以决定更换上部几厘米沙土的时间。如果将贮水池添加到该系统中，慢滤池每天可以24小时运转。
“加沙慢滤池”依靠重力的作用进行工作，一些种植者使用小型的加沙滤池，水分通过压力的作用而不是通过生物作用穿过沙层，在这种情况下，物理作用发挥了功能，这些系统通常需要进行进一步的水处理。
进一步水处理
进一步的水处理包括在水中添加杀除微生物的化学物质或其他物质，能源要素包括热能和紫外光。紫外系统通常在很大程度上降低了水流速度。然而，更先进更高级的紫外系统正在研发中。热能添加系统的规格可以根据需要制定，它们利用热能交换器来重新获得最初注入到水中的热能。然而由于能源成本的增加，热能添加系统的成本依然很高。
使用化学添加剂仍然是进行水净化的最普遍途径。在水中添加氯气（或者是释放氯气的次氯酸钠）依然是最常见的方法。目前，在水中添加过氧化氢和过氧化氯的方法也逐渐被广泛采用。
作者事实上并不提倡在水中加入任何形式的含氯添加剂，这些物质对使用者和植物是有害的。目前的研究显示软管末端需要2ppm的自由氯才能完全清除水中的腐霉病，而这一剂量的自由氯对作物来说是有害的。另外，多余的自由氯会回到循环系统中和其他的有机分子发生反应，形成低含量的植物有害物质。
在灌溉水中添加过氧化氯是值得优先推荐的方法。过氧化氯是强氧化剂。氧化性仅次于臭氧。在水体公园（游泳池）中和饮用水的净化中广泛采用这一消毒杀菌剂，另外它还可以保护收获的海产食品、水果和蔬菜。过氧化氯可以杀除微生物并且可以迅速地从处理水中消失，而不产生有害物质。如果使用剂量足够高，水在处理后就可以马上使用。最后一点对于处理具有落潮和涨潮系统循环水的情况尤其重要。过氧化氯可能是未来化学水卫生的希望。
