1.农业措施
(1)选择适合的蔬菜种类和品种。在众多蔬菜中，具有特殊气味的蔬菜，害虫发生少。如韭菜、大蒜、洋葱、莴笋、芹菜、胡萝卜等；毛豆在有机蔬菜是选择较多。在蔬菜种类确定后，选抗病虫的品种十分重要。
(2)合理轮作。蔬菜地连作多会产生障碍，加剧病虫害发生。有机蔬菜生产中可推行水旱轮作，这样会在生态环境上改变和打乱病虫发生小气候规律，减少病虫害的发生和危害。
(3)科学管理。在地下水位高，雨水较多的地区，推行深沟高畦，利于排灌，保持适当的土壤和空气湿度。一般病害孢子萌首先取决于水分条件，在设施栽培是结合适时的通风换气，控制设施内的湿温度，营造不利于病虫害发生的湿温度环境，对防止和减轻病害具有较好的作用。此外，及时清除落蕾、落花、落果、残株及杂草，清洁田园，消除病虫害的中间寄主和侵染源等，也是重要方面。
2.生物、物理防治
有机蔬菜栽培是可利用害虫天敌进行害虫捕食和防治。还可利用害虫固有的趋光、趋味性来捕杀害虫。其中较为广泛使用的有费洛蒙性引诱剂、黑光灯捕杀蛾类害虫，利用黄板诱杀蚜虫等方法，达到杀灭害虫，保护有益昆虫的作用。
3.使用的矿物质和植物药剂进行防治
可使用硫磺、石灰、石硫合剂波尔多液等防治病虫。可用于有机蔬菜生产的植物有除虫菊、鱼腥草、大蒜、薄荷、苦楝等。如用苦楝油2000~3000倍液防治潜叶蝇，使用艾菊30g/L(鲜重)防治蚜虫和螨虫等。
4.杂草控制
一般采用人工除草及时清除，还可利用黑色地膜覆盖，抑制杂草生长。在使用含有杂草的有机肥时，需要使其完全腐熟，从而杀亡杂草种子，减少带入菜田杂草种子数量。
通过采用限制杂草生长发育的栽培技术(如轮作、种绿肥、休耕等)控制杂草；提供使用秸秆覆盖除草；允许采用机械和电热除草；禁止使用基因工程产品和化学除草剂除草。
