1.市场混乱、鱼龙混杂 这点从每年一度的武汉种子交易会可见一斑。武汉种子交易会上，各类种子生产商、经销商云集，要选得实际需要的蔬菜良种，即便是富有经验的蔬菜专家也需颇费心思，更何况其终端用户是知识水平尚正在提高的农民。当今市场，以技术创新为先导，扎实努力、力创品牌者有之，投机经营、蒙骗用户者也为数不少。这种现状，不利于优良的蔬菜品种便捷到达用户手中，不利于中国蔬菜种子市场的健康发展与成熟。
2.利益驱动、供过于求 蔬菜产业的迅猛发展使原先较为单一的供种渠道在较短的时间内一下子变得丰富充余和过剩，众多的经销商挤入供应环节纷争利润，市场由改革初期的卖方市场转向现在的买方市场，有相当多的“假冒伪劣”混于其中，不可能短时期内淘汰出局。市场竞争过多地依赖价格竞争给现阶段蔬菜业良种应用及蔬菜种子市场的健康发展带来阶段性不利影响。
3.有些方面管理不够到位 《种子法》为规范种子生产和经营提供了有力的法律依据，但其配套法规尚待完善，现有的品种保护措施对现阶段相应蔬菜新品种的保护显得力度不够。有的地方执法的主体不够到位，品种靠生产者自身保护的居多。在全国各地都可看到，在生产某些市场畅销品种的实力育种单位周边，普遍存在着不少各种各样的仿冒产品的生产单位或个体。监管不到位、执法不严、地方保护和现实市场的紊乱，使这些不法的行为得以“合法化”，这些单位、个体生产的所谓自有品种又反过来进一步扰乱本来已经够乱的市场，直接的受害者是合法企业，而更大、更多的受害者是农户，深层意义上受影响的是蔬菜产业，一定程度上阻碍了区域农业的发展。
4.市场品种中的技术含量和种子质量参差不齐 任何一类蔬菜都可找到很多品种，可是真正符合国家标准的是少数。根据2001年国家技术质量监督局公布的蔬菜种子的质量抽查结果，大白菜等蔬菜种子的合格率为57.8%。这种态势与现代蔬菜业要求的基地种植、产业化发展极相矛盾，农民卖菜难、消费者吃不到优质蔬菜、农产品出口比例小的状况势必还将延续较长时间。
