病虫害防治根甜菜在苗期易受地下害虫为害
可在苗期撒敌百虫毒饵；利用糖醋液或黑光灯诱杀成虫等方法防治地老虎、金针虫、蛴螬等害虫。苗期还应喷2．5％漠氰菊酯；或20％速灭杀丁3000倍液；或90％敌百虫1000倍液，防治象鼻虫、甜菜夜蛾及甜菜螟等害虫。
根甜菜经常发生的病害是黑斑病、褐斑病、白斑病等。
黑斑病的症状是肉质根内出现硬块或软木状黑斑，叶片变小或畸形。其发生原因是土壤缺硼，可喷0．1％的硼砂液于叶面防治。
褐斑病主要危害叶片，产生浅褐色圆形斑点，直径4～12毫米。湿度大时病斑上生灰白色霉层。该病由真菌引起，病菌在病株残体或种子上越冬。阴雨天气及重茬、地势低洼等条件下发生严重。发病初可用：40％灭病威400倍液；或50％苯菌灵1500倍液喷雾防治。
白斑病主要危害叶片，叶片上出现灰色或浅褐色斑点，大小1～7毫米，常见有暗色边缘。该病为真菌致病。防治方法同褐斑病。
