然而，磷肥并非施用越多越好，因为当年施入的磷肥不能完全被作物吸收，会在土壤中累积，过量施用磷肥不仅无益，而且害处还多。
一是过量施磷肥，作物会从土壤中吸收过多的磷素营养，促使作物呼吸作用过于旺盛，消耗的干物质大于积累的干物质，造成繁殖器官提前发育，引起作物过早成熟，籽粒小，产量低。
二是过量施磷肥，会诱发土壤缺锌。若过量施用磷酸钙，会使土壤里的锌与过量的磷作用，产生作物无法吸收的磷酸锌沉淀，使作物出现明显的缺锌症状；过量施用钙镁磷肥等碱性磷肥后，土壤碱化，造成锌的有效性降低，进而影响作物对锌的吸收。
三是过量施磷肥，会使作物得磷失硅。过量施用磷肥后，还会造成土壤中的硅被固定，不能被作物吸收，引起缺硅，尤其是对喜硅的禾本科作物的影响更大，如水稻，若不能从土壤中吸收到较多的硅元素就会发生茎秆纤细，倒伏及抗病能力差等缺硅症状。
四是过量施磷肥，会使作物得磷缺钼。适量施用磷酸二氢钾磷肥会促进作物对钼的吸收，而过量施用磷肥，会导致磷和钼失去平衡，影响作物对钼的吸收，表现出“缺钼症”。
五是过量施磷肥，造成土壤中有害元素积累。磷肥主要来源于磷矿石，磷矿石中含有许多杂质，包括镉、铅、氟等有害元素。施用磷肥会引起土壤中镉的增加，年增长量分别为0.15％-0.08％，且这种镉有效性高，易被作物吸收，给人畜造成危害。
六是过量施磷肥，会造成土壤理化性质恶化。若施用过磷酸钙来补充磷肥，因过磷酸钙含有大量游离酸，连续大量施用，会造成土壤酸化。而却钙镁磷肥含有25%-30%的石灰，大量施用会使土壤碱性加重，理化性质恶化。
