如果施肥不讲究科学，不仅会影响棚菜的产量和品质，而且会造成棚土盐渍化。因而，大棚蔬菜施肥必须要做到以下几点：
一、增施有机肥。有机肥能改良土壤结构，能增加土壤有机质的含量，分解时还可产生二氧化碳，十分有利于大棚蔬菜的生长发育，增加产量，提高品质。一般每亩应施优质有机肥不少于5吨，并且要尽量多施些热性肥料，如骡、马粪，羊粪等。
二、选用适宜的化肥种类。大棚土因不受降雨的影响，盐分不能随雨水流失或被淋溶到土壤深层中去。如：硫酸钾、硫酸铵、氯化钾等肥料施入土壤后，会分解出硫酸根离子、氯离子等。它们不易被作物吸收利用，而存留在土壤浅层，使土壤溶液浓度升高，影响蔬菜的生长发育，降低品质。所以，大棚蔬菜的施肥，适宜选用磷酸二铵、磷酸铵、硝酸铵、过磷酸钙、尿素、磷酸二氢钾等化肥。
三、不要施新鲜人粪尿。新鲜的人粪尿施入大棚后，由于大棚内的温度较高，新鲜人粪尿会很快腐熟分解，初期产生的尿素及无机盐类会使土壤溶液浓度升高，对蔬菜吸收水分和养分产生影响。新鲜人粪尿还能产生大量氨气，毒害蔬菜，进而发生烧苗现象。同时，新鲜人粪尿中含有对人体有害的病虫，直接使用会影响人体健康。所以，人粪尿必须要经过7至10天发酵腐熟后再行施用。
四、氮肥要深施。氮肥深施并要覆土，这样可以减少与空气的接触机会，避免氮肥的挥发，而产生氨气，危害棚菜，降低肥效。同时，氮肥深施，还能减少蔬菜对硫酸盐的积累，提高氮肥利用率。一般氮肥施用深度应在10厘米至14厘米以下，并要求施后立即覆土。
五、施用化肥必须要适量。大棚蔬菜一次施肥过多，不仅会造成人为的浪费，而且还会使土壤盐分浓度升高，养分倒流，危害蔬菜。棚菜施肥量要根据不同类型的土壤，以及不同蔬菜品种等，每亩一次施用化肥数量为：硝酸铵沙壤土15公斤，壤土或粘土18公斤；尿素沙壤土10公斤，壤土或粘土12公斤；基施过磷酸钙沙壤土40；公斤，壤土及粘土15公斤；磷酸二铵沙壤土25公斤，壤土及粘土35公斤
